上世纪80年代，由于日本经济的高速发展，日本航空自卫队于1987年购买了两架波音747-400飞机，总价值360亿日元。1991年秋天两架飞机正式交付。常驻基地为日本航空自卫队千岁基地。隶属于第701中队。至此，日本政府成为世界上少数装备专用空军一号的国家。日本的空军一号，平台比美国空军的空军一号更新更先进。
然而这两架日本空自所谓的空军一号和空军二号，由于是专机设计，每架飞机都配备高达17至19名人员，由二至四名飞行员，三名通讯员和十二名乘务员组成。由于在设计上过多考虑政府办公和出行，这么大的飞机，实际载客量只有约140名。而日本政府高管的出行，不像美国总统那么频繁。更多的时候这两架波音747飞机用作其它任务。例如，在2010年新西兰坎特伯雷地震时。日本外交部计划使用这架飞机撤离日本国民，但是由于载客量太少的原因。外交部被迫取消这一任务......由于种种原因，在多次国际出访任务中，这两架飞机多次爽约。
近20多年来，这两架专机由于运行费用高昂。在多次国际活动中都表现不佳。为此空自后期又购买了体型更小，经济性能更好的U-4专机（湾流IV公务机）。用以短距离的运送要员。而这架飞机更多的时候，也请当地的民用航空公司负责保养，维护。
然而近期这种飞机又出事了，日本当地时间，1月11日下午1点10分，一架波音747飞机从东京飞往千岁基地降落后，地勤发现，右机翼与发动机连接处一枚蒙皮丢失。这块蒙皮约38*20CM大小，厚2MM。重约500G。
近10来年，日本空自的主力战机F-15J战机已经多次发生部件掉落事件，特别是新田原基地的战机在6年间部件掉落高达57次。而这次连空军一号都出现这样的事件，在确罕见。
但是这样的事件，对空自新购买的波音777-300ER而言是个好事情，空自的高管可以名正言顺地对外声称，波音747真的太老了，购买波音777-300ER是多么的明智之选 。
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